Spatial Transcriptome Analysis

조직의 위치 정보와 전사체 발현 정보를
동시에 확인 할 수 있는 분석 방법입니다

위치 기반 전사체 분석은 가장 최신의 유전자 분석 기술로, 세포들의 유전자 발현 정보와 세포들이 어느 위치에 존재하는지를 동시에 분석하는 기술입니다. 단일 세포로의 분리나 RNA 추출 없이 조직절편 자체의 유전자 발현을 바로 분석할 수 있는 기술이며, 이를 통해 유전자 발현 정보뿐만 아니라 조직이 가지고 있는 세포의 고유한 위치 정보까지 같이 얻을 수 있어 조직이질성(tissue heterogeneity)을 동시에 이해 할 수 있습니다. 수술로 얻은 fresh 조직과 조직을 보관하기 위해 포르말린으로 고정시켜 저장해놓은 FFPE 조직 모두에 해당 분석 방법을 적용할 수 있다는 장점이 있으며, 이미 절편화된 조직에서도 실험이 가능합니다.

Spatial Gene Expression analysis

마크로젠은 10x Genomics 사의 위치 기반 전사체 분석(Spatial Transcriptome analysis) 서비스의 CSP(Certified service provider) 인증을 받았으며, 국내 1위이자 세계 5위 수준의 차세대염기서열분석(Next generation sequencing,NGS) 수행능력을 기반으로 높은 수준의 유전자 분석 데이터를 빠른 시간 내에 제공해 드리고 있습니다. 또한 신기술을 빠르게 도입함으로써 위치 기반 전사체 분석 서비스를 다양화하며 시장을 선도하고 있습니다.

Visium CytAssist

Explore and Discover spatial organization of gene expression

Visium : Sample Preparation

FF
(Fresh Frozen)
FFPE
(Formalin Fixed Paraffin Embedded)
Sectioned slide
Sample type OCT (compound) block Paraffin block FF / FFPE
Section Thickness 10 μm 5 μm FF 10µm / FFPE 5µm
RNA Quality RIN ≥ 7 DV200 ≥ 50% FF RIN ≥ 4 / FFPE DV200 ≥ 30%
Species Any organism (poly A tail) Only Human, Mouse Only Human, Mouse
Quality Check Process
  • Visium-FF : Section (Cryotome) - RNA QC & ROI* check - Tissue optimization test
  • Visium-FFPE : Section (Microtome) - RNA QC & ROI check - Tissue adhesion test
  • Visium CytAssist : RNA QC & ROI check - no tissue optimization, tissue adhesion test

*ROI : Region of interest

Nanostring GeoMx® DSP

Discover Where Biology Happens

Platform GeoMx® Digital Spatial Profiler
Sample FFPE Block (보관 기한: 3년 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm / Core Needle Biopsy 가능)
Fresh Frozen Tissue (6개월 이내 Cutting, -80°C 보관 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm )
Panel Human Whole Transcriptome Atlas (hWTA)
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